中国食源性微生物检测技术创新战略联盟由国家食品安全风险评估中心食源性疾病监测部主任郭云昌担任秘书长，中国国际食品安全技术论坛办公室主任乔宇、北京生物应急与临床POCT重点实验室副主任、江苏康正生物科技有限公司董事长林琳担任副秘书长。国家食品安全风险评估中心研究员刘秀梅为联盟的名誉理事长，军事医学科学院微生物流行病研究所研究院杨瑞馥担任理事长。常务理事包括卡尤迪生物科技（北京）有限公司总经理李响、中农孚德检测技术（北京）有限公司总经理孙宏伟、中国科学院微生物研究所环境微生物基因组中心主任朱宝利、武警总医院检验科主任杨晓莉、南昌大学食品科学与技术国家重点实验室赖卫华、中国医学装备协会副秘书长董书魁、广州迪澳生物科技有限公司总经理肖艳文、新希望六合股份有限公司总经理助理荣佳、北京维德维康生物技术有限公司研发总监温凯、沈阳市食品监督执法支队队长张一兵、中国农业科学院油料作物所李培武、军事医学科学院微生物流行病研究所周蕾、中国疾病预防控制中心病毒预防控制所马学军、北京市疾病预防控制中心陈倩、北京良润生物科技有限公司刘磊、大连民族大学生命科学院院长胡文忠、北京出入境检验检疫局检验检疫技术中心曾静、国家乳业工程技术研究中心副主任姜毓君、军事医学科学院卫生学环境医学研究所高志贤、中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所苏晓鸥、中国检验检疫科学研究院农产品安全研究中心研究员陈颖、AOAC中国分部主席鲍蕾、中国检验检疫科学研究院原副院长唐英章、中国食品药品检定研究院食化所生物检测室崔生辉、南京工业大学食品与轻工学院党委书记熊晓辉、华南理工大学轻工与食品学院石磊。