食品有害物质检测。近些年来离子迁移谱技术日渐成熟，在食品农药、兽药等有害物质检测中得到了越来越多的应用。与传统质谱技术相比IMS技术样品处理更为简单，且对于检测环境的真空度没有要求，检测效率也比较高。利用IMS技术对经过固相萃取净化的禽肉样品中的恩诺沙星等兽药进行定量检测，其检测限可以控制在20μg/kg以下。IMS技术可以充分满足国家标准中对于食品有害物质残留检测限量的要求。目前我国已经开发出了可以对肉类食品中“瘦肉精”成分含量进行快速测定的IMS仪器；食品贮藏过程监测。利用离子迁移谱技术通过食品样品中微生物代谢物的测定分析出食品的新鲜程度，为食品贮藏环境适宜性的评价提供依据。IMS技术可以对肉类食品中的挥发性生物胺进行检测，相关技术人员可以以此为依据绘制出相应的肉制品品质与贮藏环境温度和贮藏时间的关系图。动物性食品受到细菌和酶的作用随着贮藏时间的延长会出现腐败，在此过程中蛋白质会分解产生挥发性盐基氮，食品中挥发性盐基氮的含量与动物性食品的新鲜程度呈现出反相关；食品风味物质分析。食品中一些挥发性风味物质具有类似化学战剂中电化学结构，因而早期用来对爆炸物、化学战剂以毒品等进行检验的IMS技术也可以进行食品风味物质的分析。食品风味物质构成复杂且种类较多，因而分析测定的难度也比较大。相关学者通过研究发现将UV-IMS与气-液分离器进行配合可以对白葡萄酒中的醇、酯等多种挥发性风味物质进行分析测定。相较于其他的检测手段，离子迁移谱技术与气-液分离技术联用检测可以实现复杂化合物的在线监测，由于对环境真空度没有要求，因而应用起来更加便捷；食品加工过程控制。在奶酪生产以及啤酒酿造中，IMS可以通过微生物代谢检测为菌群的生长调控和菌种鉴定进行辅助。2,3-戊二酮与丁二酮的浓度比是判断啤酒酿造过程中麦汁是否有微生物污染情况出现的重要指标。将UV-IMS与气相色谱技术进行串联可以对啤酒发酵过程进行实时的监测，从而实现啤酒加工的过程控制。软木塞是葡萄酒酿造的重要组成，而在霉菌环境中软木塞中的氯酚会生成2,4,6-三氯苯甲醚，也就是木塞味。